L'Istituto Don Milani prende il nome da Don Lorenzo Milani,sacerdote ed educatore fiorentino, fondatore e  animatore della famosa scuola di  Sant'Andrea di Barbiana. 

Anche il logo dell'Istituto si ispira  alla figura e al pensiero educativo di Don Milani, con la frase "I care" in evidenza.

L'Istituto comprensivo Don Milani nasce ufficialmente il 1° settembre 2010 con  l’aggregazione di tre plessi di scuola primaria e dell’infanzia e di un istituto secondario di 1° grado.

L'aggregazione risponde all'esigenza di continuare nel processo di autonomia scolastica, mirando alla costituzione di unità scolastiche che contengano al proprio interno alunni dai 3 ai 14 anni e costituendo così un percorso didattico, cosiddetto del primo ciclo, unitario.

L'istituto comprende i seguenti plessi: 

• Scuola primaria G. Pilati - Via Marco Minghetti, 2; 
• Scuola dell’infanzia e Scuola primaria “G.E. Nuccio” - Via della Ripa, 14; 
• Scuola dell’infanzia e Scuola primaria B. da Rovezzano - Via del Guarlone, 54; 
• Scuola secondaria di primo grado “Don Milani”, quest’ultima sede della direzione scolastica dell’ Istituto, in Via Cambray Digny, 3.